精灵更换是游戏的核心机制之一，玩家可以随时通过宝可梦中心的电脑系统调整队伍配置。电脑存储系统分为宝可梦和物品两个模块，选择宝可梦选项即可查看当前队伍与存储的精灵，通过简单的指令操作实现精灵的存入或取出。需队伍中至少需要保留一只精灵，无法将所有精灵存入电脑。
除了常规的电脑存储功能，玩家还可以通过与其他训练家交换精灵来实现队伍调整。交换需在宝可梦中心的二楼联机区域完成，双方需各自携带需要交换的精灵。交换后精灵的等级、技能和亲密度会保留，但部分需要通信进化的精灵会立即触发进化。游戏中的特定NPC也会提供精灵交换服务，例如用尼多兰交换尼多朗的剧情事件。
野外捕捉新精灵时，若队伍已满六只，系统会提示将其中一只传送至电脑存储。这一设计确保了玩家在探索过程中不会因队伍容量限制错过捕捉机会。建议玩家定期整理电脑中的精灵，按属性、等级或用途分类存储，便于后期快速调用。电脑存储空间理论上无上限，但实际使用中需注意精灵的命名和标记，避免混乱。
精灵更换的战术意义在于应对不同道馆首领或野外训练家的属性克制。面对电系道馆时，提前将地面系精灵编入队伍可显著降低战斗难度。游戏后期挑战联盟四天王时，灵活更换精灵搭配更是通关的关键。玩家可通过快捷键随时查看队伍精灵的状态，但实际更换仍需返回宝可梦中心操作，因此规划好队伍配置再进入特殊区域（如冠军之路）尤为重要。
