三大瞳术（白眼、写轮眼、轮回眼）各有独特的战斗定位和战略价值。从游戏实战角度分析，轮回眼的综合能力最强，写轮眼在战术灵活性上更胜一筹，而白眼的辅助功能不可替代。
轮回眼被称为掌控生死之眼，其能力覆盖攻击、防御、封印、空间操纵等多个维度。持有者能使用六道之术，包括万象天引、神罗天征等地爆天星级忍术，同时具备外道轮回天生等复活能力。在轮回眼角色通常拥有高爆发伤害和控场技能，但操作复杂度较高，适合高阶玩家。轮回眼的终极形态轮回写轮眼还能发动无限月读，但游戏内通常将其设定为限定技或觉醒技，需谨慎使用。
写轮眼的优势在于进化链完整且战术多变。从基础勾玉形态到万花筒写轮眼，其能力逐步解锁幻术、复制忍术、空间转移（如神威）等。游戏中的写轮眼角色往往擅长连招和反制，例如通过幻术打断对手技能，或利用须佐能乎提供霸体效果。永恒万花筒写轮眼进一步降低技能消耗，但需注意瞳力资源管理。写轮眼的缺点是部分高阶技能（如别天神）冷却时间较长，需合理规划使用时机。
白眼的战略价值主要体现在侦察和团队协作上。其360度视野和透视能力能提前预判敌人位置，在竞技模式中可破解隐身单位或陷阱。日向一族的柔拳配合白眼能精准打击对手查克拉穴道，但游戏内通常将其设计为持续输出型角色，缺乏爆发手段。转生眼作为白眼的终极形态，在剧场版中表现惊艳，但游戏内实装较少，通常以限定角色形式出现，技能范围广但前置条件苛刻。
从游戏平衡性来看，三大瞳术的设计遵循风险与收益对等原则。轮回眼技能威力大但消耗高，写轮眼需依赖熟练度，白眼则更注重团队配合。玩家应根据自身操作习惯选择：偏好高爆发选轮回眼，擅长技巧连击选写轮眼，倾向支援控场则选白眼。部分融合瞳术（如佐助的勾玉轮回眼）在游戏中可能兼具多重特性，需结合具体角色技能组评估。
游戏内没有绝对的最强瞳术，关键在于如何结合角色机制与战斗场景发挥其最大价值。
