船只操作的核心在于合理配置舰船类型与功能分工。游戏中的舰船主要分为资源采集型和战斗型两大类，两者独立计算人口上限，因此前期应优先建造工程船以保证资源供应稳定。工程船分为大中小三种型号，选择时遵循有大选大原则；战斗舰则包含护卫艇、驱逐舰、巡洋舰等七大类，其稀有度与强度通常呈正相关，可通过蓝图研究获取。玩家需注意战斗舰的编队需兼顾前排防御与后排输出，例如护卫舰侧重护甲强化，而驱逐舰优先提升火力。
舰船加点系统是提升战斗力的关键环节，不同舰种需采用差异化方案。常规护卫舰如FG300建议装甲拉满，侦察型舰船则需将动力系统强化至最高以保障机动性。特殊功能舰船如刺水母、红宝石等护航艇应优先点出策略技能和冷却缩减，而ST59这类战列巡洋舰则需平衡能量抗性与主炮伤害。奶船类舰船如卫士级的加点侧重冷却缩减和命中率，仓储型舰船则需最大化仓储容量与航行速度。每艘舰船的改装系统提供5-7个配件槽位，玩家需根据战场定位进行个性化调整。
资源采集操作需要掌握工程船调度技巧。点击工程舰后选择高级采矿平台，可针对金属、晶体、重氢三种资源定向开采。单个资源点仅允许一艘工程船作业，但通过编入AC721重型运载驱逐舰可提升运输效率。采矿平台建设能节省计划圈数量并提供10%-30%的采集加速，但需注意平台仅对同盟成员开放。前期建议将70%工程船投入金属采集，20%采集晶体，剩余10%获取重氢，这种比例能较好满足基地升级需求。资源点储量会随采集逐渐耗尽，需定期更换开采位置。
利用增援功能可突破指挥值限制，例如将五艘战巡编入原有舰队，但需注意增援后舰队会转为普通航行模式。远距离建造时可先派遣高速侦查舰抵达目标位置，再通过增援方式使工程舰快速到达。封锁指令能自动刷新区域内野怪，适合用于经验获取，但需注意3级封锁对应8级野怪强度。交战时可采用分兵策略，用主力舰队吸引敌人，再派辅助舰队拦截增援单位以形成局部优势。所有军事行动都要关注自动撤回设置，避免因误操作导致战略失效。
日常维护环节直接影响舰队持续作战能力。战后维修必须返回基地船坞完成，预制模块无法在野外实现维修功能。撤退路线需用工程局加速返回，避免暴露基地坐标。建议3-5名玩家共享矿区以便互相支援，同时要防范敌对势力对工程船的袭击。技术值主要通过战斗和任务获取，可用于强化舰船子系统，因此要合理规划技术值的分配优先级。定期检查资源库存与采集效率，及时升级采矿平台和工程船蓝图，这些细节将显著影响中后期发展速度。
