舰队分派是决定战斗效率与资源管理的关键环节。合理的舰队配置需要综合考虑舰船定位、指挥值分配、移动速度以及战术目标。一支舰队最多可容纳300指挥值的舰船，升级至九级基地后可提升至400指挥值。舰船位置分为前排、中排和后排，敌方会优先攻击前排舰船，因此前排需配置高防御或高闪避单位，中后排则侧重输出或辅助功能。舰船位置由蓝图中的定位决定，无法手动调整，因此编组前需仔细查看每艘舰船的属性和站位。
主力接战队通常由巡洋舰和战列舰组成，承担正面作战任务，建议前排配置6艘以上能抗能打的舰船以确保生存能力。输出舰队则以高攻高速的驱逐舰和护卫舰为主，利用移动速度优势进行侧翼包夹或快速突袭。维修舰船在中后期作用有限，因其治疗量难以跟上战斗损耗，建议仅在对抗NPC或低级城防时编入。防空型舰船需根据敌方舰载机数量灵活调整，通常优先编入输出舰队以针对敌方航母。
移动速度是舰队分派中容易被忽视但至关重要的属性。舰队整体速度由最慢的舰船决定，因此高速抄家舰队应完全排除龟速舰船，例如战列巡洋舰或航母。这类舰队专为拆除敌方前哨站或采矿平台设计，需搭载诺玛M470、云海级等攻城舰船，并搭配FG3000等高速护卫舰。增援指令应谨慎使用，避免因加入低速单位而拖累战术执行，永恒风暴级等高速战巡是理想的增援选择。
资源采集与探索任务需要独立的舰队配置。工程船应优先选择大型号以提升效率，并配备少量护卫舰防范敌对势力骚扰。侦察型舰船需动力系统拉满，确保快速探索未知星域。委托任务中的科研、狩猎等类型对舰队有特殊要求，例如科研任务需提前规划科研点路径，狩猎任务则需根据目标位置调整航行路线。每日任务刷新后应及时筛选适配当前舰队实力的任务，避免因战力不足导致失败。
主力队、输出队、采集队应完全分离，避免混编导致功能冲突。舰队命名虽可自定义，但建议采用功能标识以便快速识别，例如主力-巡洋抗线输出-驱逐突袭等。通过持续观察战报分析舰船表现，逐步优化技术点分配与舰船组合，才能最大限度发挥舰队潜力。
